automar Suite zur Datenprozessierung

automar ist ein revolutionäres Programmpaket zur Prozessierung von Einkristall-Beugungsdaten von Proteinen und kleinen Molekülen. Es umfasst eine vollständige graphische Benutzeroberfläche, die alle Programme der Suite steuert. Darüberhinaus werden Integration und Skalierung durch die Programme der CCP4-Suite (ipmosflm), der XDS-Suite und der HKL-Suite unterstützt. Geeignete Grundeinstellungen und Menuoptionen werden verwendet, wo immer dies sinnvoll ist. Für schere Fälle kann man aber auch Experteneinstellungen verwenden. Die Lernzeit und Expertise zur Prozessierung der Daten werden auf ein Minimum reduziert. Datenprozessierung war nie einfacher. Siehe unten nach Downloads...

History:

Version	Date	Description
3.0	Aug 2015	Volle Unterstützung der neuesten XDS und MOSFLM Pakete. Volle Unterstützung für Pilatus Daten in marProcess, XDS und MOSFLM Skalierungsprogramm 'scala' aus CCP4 suite ersetzt durch aimless. Programm verwendet bash statt csh für externe Prozesse.

Highlights:

Implementierung von starken neuartigen Algorithmen für die Indizierung, Integration und Skalierung.
Automatische Parameterwahl und -Update - keine eigene Eingabe erforderlich.
Graphische Visualisierung aller Programmschritte.
Autoindizierung mit extrem hoher Erfolgsquote.
Datenintegration mit einem Minimum von wählbaren Parametern.
Schnelle und einfache Migration zwischen diversen Prozessierungs-Paketen: marProcess/marScale, mosflm/scala, xds/xscale und denzo/scalepack.
Standardisierte Ein- und Ausgabe.
Hochgradig geeignet für unerfahrene Kristallographen wegen gut gewählter Grundeinstellungen.

Programmschritte:

$automar: input area for diffraction parameters$	Setup: Hier werden Beugungsparameter eingegeben, die für alle Programmpakete relevant sind, also die Zellparameter, Wellenlänge, Abstand, usw.
	Peak Search: Starke Reflexe werden aus einem Bild oder einer Reihe von Bildfer zur Indizierung ausgewählt. Die Liste kann editiert werden: Reflexe können manuell hinzuefügt oder gelöscht werden.
	Indexing: Das Programm marIndex bestimmt die Orientierungs- und Zellparameter des Kristalls. Dafür reichen 20 Reflexe aus. Die Ergebnisse werden in einer leicht zu lesenden Liste präsentiert mit Qualitätsparametern für alle 14 Bravais-Gittertypen. Falls kleine Raumgruppe eingegeben wurde, wird die wahrscheinlichste gewählt. Die Indizierung ist sehr tolerant gegen Fehler im Strahlmittelpunkt und dem Abstand Detector-Kristall. Die Resultate von marIndex können direkt in Programmen marProcess, ipmosflm, xds oder denzo verwendet werden.
	Strategy: Das Program findet den bestgeeigneten Startwert für die Drehachse für die Datensammlung. Ausserdem wird auf einen Blick angezeigt, wie man in möglichst kurzer Zeit zu einem möglichst vollständigen Datensatz kommt.
	Integration: Das Programm marProcess implementiert die sog. "seed-skewness"-Methode (Bolotovsky et al., J. of Applied Crystallography, 28, pp-95 (1995)) und kombiniert sie mit traditionellem Profil-Fit. Diese Technik funktioniert hervorragende für Proteine und kleine Moleküle. Die Größe der Integrationsbox muss nicht mehr manuell eingegeben werden. Reflexgrößen und Beugungsparameter werden ad-hoc angepasst und eine Nachprozessierung wird obsolet.
	Scaling: Programm marPost summiert die partiellen Reflexe aus dem Integrationsschritt. Auch erfolgt eine Nachverfeinerung der Kristallorientierung, Mosaizität, Divergenz und Zellparameter. Programm marScale kombiniert und analysiert die integratierten Daten. Die wichtigsten Ergebnisse werden auf einen Blick gezeigt zur schnellen Beurteilung. Diverse Grafiken werden angezeigt.
	Truncate/Convert: Nach der Skalierung konvertiert Programm "truncate" aus der CCP4-Suite Intensitäten in Strukturfaktoren. Auch andere Formatkonverter sind verfügbar um die Ausgaben aus der automar Suite in andere Formate zu überführen, z.B. für das CCP4-Paket, SHELX, CNS, usw.